כביש 39 פרוייקטים נוספים כביש 4 דרום ומחלף גולומב כביש 16 הפרדה מפלסית כביש הטבעת המערבית טבעת מזרחית כביש 21 הרחבת כביש 1 ארצי גשר עקיבא אזולאי כביש 2 צור באחר כביש 34 כביש אורה - משואה מזרח ירושלים פיתוח שכונות במערב ירושלים קריית חינוך רמות כביש מס` 39 מתוכנן ככביש גישה חדש לירושלים מדרום-מערב - כביש ארצי מהיר (2-3 נתיבים לכל כיוון) אשר יקשר את ירושלים עם דרום הארץ, מאזור קרית גת בואכה בית שמש המתרחבת, דרך צור הדסה ובית"ר עילית.
בשלב זה אושר הכביש לתכנון מפורט בקטע שבין צומת האלה לצומת הרכבת בדרום-מערב ירושלים. הכביש המתוכנן עובר בצדו הצפוני של עמק האלה, ומצומת עציונה (ליד היישובים רוגלית ואביעזר) הוא ממשיך ועולה על שלוחה שמצפון לכביש מס` 375 ועוקף את חורבת חנות ואת מושב מטע.
בהמשך דרכו, לאחר מחלף גדול המתוכנן בין מושב בר גיורא לצור הדסה, עובר הכביש בנחל רפאים שממערב לירושלים. עמק נחל רפאים מתפתל בין רכסי הכפר הערבי בתיר והישוב מבוא בית"ר שמדרומו, לרכס שורק-שלמון, רכס לבן והמושבים עמינדב ואורה שמצפון לו. גבולו המזרחי של הגן הלאומי הוא למרגלות שכונת גבעת משואה בירושלים, מערבית לאתר עין יעל.
על פי התכנון, מצפון לצור הדסה יעבור הכביש במנהרה מתחת להר רפאים ופארק בגין, יחצה את העמק בגשר לצדו הצפוני, ויעבור בגדה הצפונית בגבול מתחמי הבניה הגדולים (המתוכננים במסגרת תכנית ספדי למערב ירושלים ) ברכס לבן בואכה מלחה. בפתח נחל גילה (מערבה לעין יעל) הוא יתחבר במחלף לכביש הטבעת המערבי.
תכנון מפורט לכביש הסתיים, כולל הכנת תסקיר השפעה על הסביבה.
בחודש ספטמבר 2004 פורסמו ע"י המועצה הארצית לתכנון ובניה התוכניות המפורטות של כביש מס` 39 לקבלת השגות הציבור והערות הועדות המחוזיות והמקומיות. יצוין כי הכביש כולו מקודם על חב` מע"צ החדשה. ההשלכה למוריה:
המדובר על קטע הכביש מגבול תחום השיפוט של ירושלים ממערב, ועד לנק` היעד של הכביש באזור קניון מלחה.
חב` מוריה מקדמת דיונים עם מע"צ להעברת קטע הכביש בתחום השיפוט של ירושלים, לקידום סטטוטורי/תכנוני ובעתיד לביצועו של מוריה.